Казахстанский филиал МГУ создан по инициативе решением Ученого совета Московского университета 30 августа 2000 года. 9 октября 2000 года в ходе первого государственного визита Президента Российской Федерации В. В. Путина в Республику Казахстан ректор МГУ академик В. А. Садовничий и министр образования и науки Республики Казахстан К. Е. Кушербаев подписали Протокол о создании Казахстанского филиала Московского государственного университета имени М.В.Ломоносова на базе Евразийского национального университета имени Л. Н. Гумилева в г. Астане (ныне — Нур-Султан).

В 2007 году с целью преподавания математических и компьютерных дисциплин на всех специальностях филиала была открыта кафедра математики и информатики, которая курирует учебный и воспитательный процесс в бакалавриате по направлениям «Математика» и «Прикладная математика и информатика» и в магистратуре по направлению «Прикладная математика и информатика».