В настоящее время на факультете функционирует два диссертационных совета по защите докторских и кандидатских диссертаций: МГУ.01.09 и МГУ.01.19.
Информация о предстоящих и прошедших защитах диссертаций размещается в системе МГУ «Истина»: МГУ.01.09, МГУ.01.19.

До 2016 г. на факультете ВМК работало два диссертационных совета по защите докторских и кандидатских диссертаций:

• диссертационный совет Д 501.001.43 (председатель — академик РАН Моисеев Е. И.),
• диссертационный совет Д 501.001.44 (председатель — профессор Воеводин В. В.).