Кафедра автоматизации научных исследований факультета ВМК МГУ создана в 1987 году (приказ ректора № 1387 от 16.12.1987) на основе коллектива сотрудников, выделившегося из состава кафедры математической физики (ранее вычислительной математики).

Организатор и бессменный руководитель кафедры АНИ (до 2014 года) академик Российской академии наук Д. П. Костомаров.

Под руководством Д. П. Костомарова на кафедре проводился широкий круг исследований в области компьютерного моделирования сложных систем и процессов.