Черноморский филиал МГУ создан 29 марта 1999 года по инициативе мэра Москвы Ю. М. Лужкова и ректора МГУ В. А. Садовничего на основании решения Ученого совета Московского университета. В 2008 году он был переименован в Филиал МГУ в г. Севастополе.

Факультет вычислительной математики и кибернетики представлен в филиале отделением прикладной математики и информатики (факультет компьютерной математики), состоящим из кафедры прикладной математики и кафедры программирования, которые были образованы в 2001 году. С 2011 года обучение проводится по направлению «Прикладная математика и информатика».